De organisatie van de Algemene Rekenkamer bestaat uit het college en de ambtelijke organisatie.
Het college van de Algemene Rekenkamer bestaat uit 3 leden
Geeft leiding aan 7 directies en Team Kwaliteit & Control
Departementen: Algemene Zaken, Financiën
Departement: Binnenlandse Zaken en Koninkrijksrelaties
Financial audit en coördinatie verantwoordingsonderzoek
Departementen: Buitenlandse Handel en Ontwikkelingssamenwerking, Buitenlandse Zaken, Defensie, Justitie en Veiligheid
Departementen: Onderwijs, Cultuur en Wetenschap, Sociale Zaken en Werkgelegenheid, Volksgezondheid, Welzijn en Sport
Departementen: Economische Zaken en Klimaat, Infrastructuur en Waterstaat, Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit en Diergezondheidsfonds
Bestuur, Communicatie en Internationaal; Mensen, Middelen en Ondersteuning; Informatievoorziening en Organisatie